Elektronische Signaturen können in Rechtsstreitigkeiten als Beweismittel vorgelegt werden. In der Regel unterliegen sie, mit Ausnahme der qualifizierten Signatur, der freien Beweiswürdigung. Da «einfache» und «fortgeschrittene» elektronische Signaturen gesetzlich kaum oder nur grob definiert sind, liegt es in der Verantwortung des Gerichts, eine solche Signatur zu akzeptieren oder nicht. Die Partei, die diese Signaturen als gültig darstellen möchte, muss die entsprechenden Beweise vorlegen. Im Falle von Swisscom ist es hilfreich, dass die fortgeschrittenen Signaturen auch einer strengen Prüfung nach dem ETSI-Standard für "NCP+"-Signaturen unterzogen werden; daher können solche Prüfberichte verwendet werden. Im Falle einer qualifizierten Signatur gilt die Beweislastumkehr. Da das Gesetz die qualifizierte Signatur genau festlegt und z. B., sowohl die Schweiz als auch Österreich Validatoren für die Gültigkeit solcher Signaturen im Web anbieten, gelten diese Signaturen als gültig, bis eine Partei das Gegenteil beweist und damit auch beweist, dass die Aufsichtsbehörde oder das BAKOM in der Schweiz sowie die Auditoren ihren Pflichten nicht nachgekommen sind. Nach 11 Jahren in der Schweiz bzw. 35 Jahren in Österreich kann der Nachweis auch im qualifizierten Bereich zu Schwierigkeiten führen, da die Unterlagen für die Registrierung vernichtet werden müssen. Trotzdem ist die Unterschrift noch als «qualifiziert» sichtbar.
Im Zusammenhang mit Nachweisen nach vielen Jahren ist auch zu beachten, dass elektronisch archivierte Dokumente gelegentlich wiederholt mit einem Zeitstempel versehen werden sollten. Die Algorithmen sind möglicherweise nicht mehr so robust. Ein Zeitstempel versiegelt das Dokument mit den neuesten Algorithmen und schützt die Integrität des Dokuments, einschliesslich der Signaturen.
Qualifizierte eIDAS-Signaturen gelten nur im EU-Raum (und im EWR) als «qualifiziert», und auch ZertES-Signaturen gelten nur im Schweizer Rechtsraum als qualifiziert. Das bedeutet, dass diese Signaturen ihre «qualifizierte» Wirkung nicht mehr entfalten können, wenn ein Drittstaat das Gesetz wählt, oder gegebenenfalls gar nicht mehr anerkannt werden.